Dies ist eine offene Frage. Genetisch und hormonell bedingt gibt es kleine anatomische Unterschiede in Grösse und Struktur sowie physiologische Differenzen in der Arbeitsweise des Gehirns, z. B. bei der funktionellen Verbindung der Hirnareale oder Proteinexpression. Daraus ergeben sich unterschiedliche Aktivitätsmuster und physiologische Prozesse bei der ­neuronalen Verarbeitung, die geschlechtsspezifisches Verhalten be­dingen ­können, aber weder dem weiblichen noch männlichen Gehirn einen kognitiven Vorteil bringen.

Bei krankhaften Vorgängen im ­Gehirn zeigen sich zusammen mit psychosozialen Aspekten deutlichere ­Unterschiede. So leiden Frauen häufiger an Angststörungen, Depressionen und chronischen Schmerzen, Männer an Parkinson, Aufmerksamkeitsdefi­ziten und Schizophrenie. Neurolo­gische Forschung, die das Geschlecht berücksichtigt, ist daher entscheidend für effektivere Therapien.